Vamos a cantar un rock and roll a la plaza del pueblo

No, no es que me haya asaltado la nostalgia de la niñez (la canción tiene aproximadamente mi edad) pero, ¿a que os he llamado la atención?

Yo no voy a hablar de Tequila, la banda, aunque he disfrutado mucho de esta canción, que ha perdurado muchos años. Yo os voy a hablar de otro tequila, la bebida mexicana. Pero no de su consumo o de sus tradiciones, sino de su composición química. Mejor dicho, de la posibilidad de usar su composición para estudios de diferenciación. 

En 2007, Silvia G. Ceballos, amiga mexicana de la Universidad de Colima, defendió su tesis doctoral titulada Caracterización analítica de destilados de Agave tequilana mediante técnicas de análisis multivariante. Esta tesis fue realizada en el Departamento de Química Analítica de la Universidad de Sevilla y dio lugar a tres publicaciones científicas.

Contraportada de la tesis

Por un lado se empleó el contenido metálico (Ca, K, Mg, Na, S, Mn, Sr, Ba, Al, Zn, Cu y Fe) para diferenciar tipos de tequila. Los tipos considerados son plata (producto destilado sin envejecer), oro (mezcla de blanco y añejado), añejo y extra-añejo (envejecidos en barrica de roble entre dos y doce meses el primero y uno o tres años el segundo). el mezcal, es otra bebida tradicional mexicana que se obtiene de otra variedad de agave. Mediante PCA y LDA se seleccionan S, Mn, Sr, K, Al, Fe, Zn y Cu como variables más discriminantes. Se crea un modelo de redes neuronales probabilísticas a partir de estas variables que resuelve el problema de clasificación para tequila blanco, oro,extra-añejo y mezcal. El tequila añejo se clasifica correctamente en un 90% de los casos. El problema estriba en que las clases que se confunden son la de añejo y blanco [1] .

LDA por tipos

Si los parámetros empleados son alcoholes superiores y furfurales, determinados los primeros mediante cromatografía de gases-espectrometría de masas y los segundos mediante cromatografía líquida de alta eficacia, se puede obtener un modelo más realista, en el que las clase blanco y oro se separan bien del resto. En este caso, la confusión entre clases es para añejo y extra-añejo, lo cual parece lógico. De hecho, la ventaja es que se diferencia bien el producto denominado oro del añejado, que tiene un mayor precio de mercado. En este caso el modelo final, usando en el contenido en furfural, hidroximetilfurfural, propanol, 2-metil-propanol y 2-metil-butanol, se basó en redes neuronales artificiales de perceptrones multicapa [2].

Otra posibilidad es la de usar el perfil metálico para diferenciar origenes geográficos. Por ejemplo, los tequilas de Guadalajara, Tequila y Amatitlan se pueden diferenciar mediante máquinas de vectores soporte lineales basándose en el contenido en Na, K, Ca, S, Mg, Mn, Zn, Sr, Ba, y Cu. Estos metales se seleccionaron mediante LDA [3].

LDA por origen

 La conclusión me parece interesante. Los metales, muy relacionados con la tierra en que se cultiva el agave, permite diferenciar orígenes geográficos, resultado muy esperable. Los alcoholes superiores y furfurales permiten diferenciar tipos de acuerdo a su envejecimiento.

[1] Ceballos et al. Quantitation of Twelve Metals in Tequila and Mezcal Spirits as Authenticity Parameters, Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2009, 57, 1372-1376
[2] Ceballos et al. Characterisation of tequila according to their major volatile composition using multilayer perceptron neural networks, Food Chemistry, 2013, 136, 1309-1315
[3] Ceballos et al. Geographical Authentication of Tequila According to its Mineral Content by Means of Support Vector Machines, Food Analytical Methods, 2012, 5, 260-265

Vuelvo al hilo con un vinillo

No quiero convertir el blog en un lugar de queja hacia la política científica del país, ni en un lugar de discusión sobre lo que no me gusta del ámbito científico y la medida de la supuesta calidad. Si bien he hablado de eso y lo volveré a hacer cuando tercie, quiero volver a la divulgación de mi trabajo. Si es que a alguien le interesa...

De vinos creo que hablamos cuando expliqué la diferenciación de denominaciones de origen de vinos blancos mediante redes neuronales (1). Ese trabajo fue bonito y entretenido y la parte experimental la realice en Granada, junto a miembros de  uno de los grupos del Departamento de Química Analítica. Allí se me planteó el empleo de elementos metálicos para la diferenciación de las mismas denominaciones. Recordé los trabajos de Kowalski (2, 3, 4, 5), uno de los pioneros en la aplicación del reconocimiento de patrones a la diferenciación en base a la composición química de vinos, precisamente. El tema me interesaba, estudio de la composición metálica y el reconocimiento de patrones. Por cuestiones ajenas a mi voluntad, no puede empezar el estudio hasta finales de 2010 y, si bien ya resuelto lo envié a publicar en marzo de 2011, no ha sido aceptado hasta hace poco en la revista Food Chemistry y saldrá publicado en papel en diciembre. La versión on-line está disponible desde junio.

Se diferencian vinos blancos españoles de las D.O. Condado de Huelva, Rueda, Ribeiro y Penedés en base a su contenido en alumino, bario, boro, calcio, cobre, cromo, hierro, magnesio, manganeso, níquel, fósforo, potasio, silice, sodio, estroncio azufre y zinc. La determinación se lleva a cabo mediante espectroscopía de emisión atómica de plasma inducido acoplado, previa mineralización ácida de la muestra.

Plasma de un espectrómetro de emisión atómica de  ICP

Para todos los elementos, salvo para el cobre, se observan diferencias significativas entre al menos un par de  D. O. mediante el test no paramétrico de Kruskal-Wallis. Una vez se lleva a cabo un análisis de componentes principales se observan ciertos agrupamientos entre muestras.

PCA biplot

Se obtiene un modelo mediante LDA que separa perfectamente las cuatro denominaciones usando el contenido en cromo, manganeso, silicio, sodio y estroncio. Estas variables se extraen realizando un análisis por pasos eliminando en cada paso la variable menos discriminante hasta maximizar el cociente entre la varianza entre grupos y dentro de los grupos. Posiblemente un día deba de hablar de esta técnica.

Distribución de muestras en el plano de dos funciones discriminantes

Finalmente se aplica una técnica de reconocimiento de patrones denominada de Máquina de Vectores Soporte (SVM). Imaginemos dos grupos de muestras en un plano, se obtiene las fronteras entre ellos empleando las muestras más próximas a la clase contraria, es decir aquellas que se encuentran en los bordes de la clase por la zona más próxima a la otra clase. Con unas pocas muestras (denominadas vectores soporte) se construye pues una frontera lineal que separa ambas clases. La ventaja es que se pueden usar menos muestras que en el caso del LDA, pues las SVM aprenden de las muestras que se encuentran en los márgenes y no en todo el conjunto. Esta técnica también merece ser explicada a parte, pero puede resultarme algo difícil hacerlo de forma cualitativa. Recomiendo la lectura del tutorial de Brereton y LLoyd en The Analyst, una autentica maravilla.

En nuestro caso, la clasificación mediante SVM resulta igual de eficiente que el LDA.

Por tanto, el contenido metálico de los vinos, fuertemente relacionado con el tipo de suelo de cada área geográfica, la pluviosidad, prácticas de agricultura y retención del tipo de uva, nos permite diferenciar el origen del mismo. Este trabajo puede complementar al estudio de volátiles como herramienta de caracterización y clasificación de vinos españoles.

Requiescat in pace

Cuando estudiaba Filosofía en COU leímos uno de los textos de Nietzsche donde, si mal no recuerdo se decía "Dios ha muerto, viva el superhombre". Creo recordar, aunque puedo equivocarme, que simbolizaba la ruptura con toda moral proveniente de la religión, pues ésta debilita al hombre. Nosotros jugábamos a decir frases por el estilo, puesto que estábamos en un colegio de curas. Desde el "Dios ha muerto, viva el  Rock" de  unos, pasando a las alusiones al Sevilla y al Betis, y cerrando con un "Dios ha muerto, viva la Ciencia". Esta última no recuerdo si fue nuestra, del profesor de Filosofía o de algún otro autor que leyéramos.

Hace un mes leí la carta de la señora Secretaria de Estado de Investigación, Carmen Vela, en la revista Nature. Mi primera reacción fu quedarme estupefacto con lo que leía, mero rechazo por alusiones, porque disminuir el presupuesto en Ciencia termina repercutiendo en todos los españoles, no solo en  los científicos. Además, puesto que de mayor quiero ser científico, me duelen los recortes como al que más. Pero ese no es el único problema.

Resulta que en España sobran científicos, según ella, y hay que adelgazar en número, no en calidad. Claro que sobran, porque cuando están formados no los podemos mantener y los chavales han de irse fuera para ser alguien. ¿En vez de recortar en contratos postdoctorales, por qué no hacerlo en predoctorales, aunque implique dejar de tener mano de obra barata? Aunque lo suyo no es recortar en formación, pero como eso en este país cada vez importa menos... No creo que sobren becarios pre o postdoctorales, faltan oportunidades de permanencia en la carrera científica, porque España es un país tradicionalmente atrasado en  ciencia. Además, lo poco o mucho avanzado en las dos últimas décadas puede irse al garete muy pronto.

Los recursos económicos se repartirán a los investigadores excelentes, Vela dixi. ¿Quién y en base a qué se hará la selección? Puede que un chavalito trabajando en la adsorción de compuestos sobre partículas de oro no tenga una investigación puntera, pero si esta adsorción se hace sobre una nanopartícula de oro y se usa para crear una molécula capaz de alojar un medicamento en su interior y, según su superficie, fijarse en el punto exacto del organismo sería excelente. La ciencia básica es muy importante, porque sin conocer lo básico no se llega a la excelencia. Y lo básico no es barato.

La peor impresión me la llevo cuando leo que anima a los investigadores a competir por proyectos europeos. Como si no supiesen los investigadores que es ahí donde está el dinero. Esta frase es como decir que una vez tirada la toalla por parte del gobierno de España, solo nos queda el recurso de que Europa rescate a nuestra Ciencia. Cosa que por otra parte lleva haciendo durante años, dando trabajo a nuestros científicos.

¡Convertir la crisis presupuestaria en oportunidad! ¿Acaso piensa que somos idiotas? Menos recursos no puede ser sinónimo de mayor calidad. Si antes investigaban X buenos investigadores e Y mediocres, podíamos tener X ' buenos resultados y una fracción de Y', también buenos. Ahora reduces incluso en X, luego reduces los buenos resultados. El recorte y la excelencia no van de la mano. Y las palabras de esta señora me resultan de gran cinismo y poca oportunidad. Pero esa es mi opinión.

Ahora toca decir, "la Ciencia ha muerto, viva Dios", porque leyendo esto parece que en España debemos creer en los milagros, en la multiplicación de los panes y los peces. 

PD: Por cierto, enhorabuena a la señora Vela por su publicación en Nature, sin duda habrá aumentando la posición de la universidad en la que estudió en el Ranking de Shangai.

La gacela científica

Hoy es uno de esos días en los que me ha dado por pensar en lo que estamos haciendo con la ciencia. Siempre hablo desde el punto de vista académico, que es el mundillo en el que me estoy moviendo. En las universidades españolas hay buena cantera científica, independientemente de lo que piensen Wert, la prensa española y el ranking de Shangai (respecto a este algún día daré opinión, de momento podéis ver también el SCIMAGO INSTITUTIONS RANKING, algo más amable con las instituciones españolas). Como decía, creo que tenemos buena cantera, pero por desgracia la falta de fondos puede ser la que ahogue los suspiros de España. Pero no son los fondos los que me traen aquí esta noche...
Una de las consecuencias de la elevada competitividad entre científicos noveles para optar a un puesto, a veces mal remunerado y con posibilidad de convertirse en un callejón sin salida es la presión por publicar. Ya dije anteriormente que se pretende tener el mayor número posible de JCRs y a veces publicaciones sin más. Por lo tanto, se pretende publicar casi cualquier cosa. Ya Philip Campbell, director de Nature, anda preocupado el hombre por haber detectado mucha presión por publicar entre jóvenes investigadores. La presión por publicar daña a la calidad científica (Dr. Fanelli dixit y la Comunidad Europea es consciente de ello). La gente joven y no tan joven, en aras de mejorar su curriculum, obtener proyectos y algo de reconocimiento académico intenta publicar sin parar.
A veces se lanzan trabajos incompletos, duplicidades (he visto papers donde solo cambia el título) y experimentos fallidos. En cuanto a trabajos mal enfocados, mal acabados y con poco rigor, la revisión por pares es la última frontera. Por eso es importante que los revisores sean honestos y vigilantes de que la calidad científica no sea ultrajada.
¿Y si tu trabajo no es bueno, puedes publicarlo? Por desgracia sí, existe en el mercado libre de la World Wide Web una serie de, como las llama Jeffrey Breall, un bibliotecario de Colorado, predatoy journals, que se lo tragan todo. Una de ellas UNAIS (de Unpublished Articles in Science), como denuncia en su blog Nicolás Robinson (Universidad de Granada), acepta publicar artículos inacabados y rechazados en otras revistas. Señores, esto si que es publicar mierda. Me río yo de los artículos "superfluos" que diría el profesor Ginés Mora.
Veo al joven estudiante de doctorado como una tierna gacela y al editor agazapado en la sabana esperando hincar el diente a su presa. Por favor, si eres joven o incauto, lee la guía de detección de Mr Breall, que enlazo dos veces para facilitar que la encuentres.
Ya veréis el descojone cuando empiecen a llegar trabajos de estos a las comisiones de contratación (si alguna vez las vuelve a haber).

Adorando al indice de impacto

Indice de impacto, que recuerdos me traes. Siempre te he tenido presente en mis acreditaciones. Si, un puñetero indice que sirve para ver si las revistas son citadas o no, pero que ha entrado de lleno en nuestras vidas, pues se usa como medida de la calidad científica de nuestras publicaciones. Cuando vayas a una plaza en una universidad cualquiera, te medirán por el número de trabajos del Q1 de la lista de revistas indexadas del área, igual hace la ANECA (aunque es el T1), y el CNEAI para los sexenios.

El publicar en revistas de alto indice de impacto puede obsesionar, porque luego te miden con ello, tal y como he indicado. Se acuña el término Impactolatría, que creo no necesita definición. Recomiendo la lectura del artículo La Impactolatría en la Ciencia de Juan Diego Patino, o las intervenciones de Bernardo Herradón en su blog Los Avances de la Química y su Impacto en la Sociedad. En ambos aparecen ejemplos de perversión de esta fórmula para medir la calidad de una revista, y por ende, la de un curriculum investigador. La obsesión puede ser mortal, si no, que le pregunten a Jordi Jordana Vidal, que ha escrito el libro Indice de Impacto, cuya trama se desarrolla alrededor de este indicador de calidad curricular. La portada os la dejo abajo.

Portada del libro Indice de Impacto de Jordi Jordana Vidal

Yo tengo mi opinión. El índice de impacto no mide la calidad de nada, puede haber trabajos malos en revistas buenas, en cuanto los revisores de las revistas, aunque pares, pueden aceptarlos por desconocimiento, dejadez o saturación. La necesidad de revisores hace a los editores aceptar a casi cualquiera que, por amor al arte, quiera juzgar el trabajo de otros. Es muy útil para que el revisor se ponga las pilas y esté al día, siempre y cuando lo haga bien. Además, puede haber trabajos muy buenos en revistas de bajo índice, pues este depende también de la especialidad o área de conocimiento en que se enmarque, o de que cuando te rechazan algo (las veces que es por desconocimiento o intereses cruzados, partamos del supuesto de que el trabajo es bueno) prefieres ir a lo seguro, a una revista más modesta.

Si el IF no debería medir la calidad de la revista, en mi opinión, mucho menos debería uno ser juzgado por el número de Q1 en el JCR. 

Cuando eres becario, te obsesionas con el IF, pues compites con otros que están pendientes de ese IF. Cuando entras en juego, consigues una plaza de contratado, te obsesionas, porque te has de acreditar para figuras más estables. Cuando te acreditas y llegas a funcionario te puedes reír del IF... por lo menos hasta que te toque pedir sexenios...

Es decir, como el ateo de boquillas no blasfema por si acaso... No creo en el indice de impacto como indicio de calidad pero por si acaso han de juzgarme, procuraré seguir publicando en el Q1 del JCR